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多组学百问系列
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Q:为什么要进行单细胞免疫组库的分析?A:1.探索肿瘤免疫微环境,辅助免疫治疗。每个人都拥有一个自己的适应性免疫组库,TCR和BCR通过基因重组和体细胞突变取得多样性,使得我们身体可以识别和抵御各种内...
Q:拿到数据不知道怎么用怎么办?A:关注case组存在的特殊类群细胞;关注case组和control组的特定细胞类群的数目;关注case和control组差异表达基因。比如检测到肿瘤病人组织特有的细胞...
Q:为什么归一化计数对于细胞之间的准确比较是必要的A:计数归一化,对于准确比较细胞(或样本)之间的基因表达至关重要。理想情况下,每个基因的映射读数计数与RNA的表达成正比。由于单细胞测序技术的限制,我...
Q:单细胞测序中,如何去除批次效应?A:目前最为广泛且最实际的解决方法是运用生信手段矫正批次效应的影响。在质量控制后进行批次校正,以确保去除批次效应后的数据质量仍然良好。另外,考虑到批次校正的影响,也...
Q:单细胞数据质控主要看哪些指标呢?A:(1)原始数据质控:单细胞转录组测序获得的原始数据为 fastq(或为压缩文件 fq.gz)格式,每个样本有 read1.fastq.gz 和 read2.fa...
Q:单细胞分析中,如何鉴定细胞类型?A:对于单细胞而言, 批次效应主要有以下主要的影响因素:不同样本同一样本的生物学重复同一样本的技术重复同一样本在同一个实验室由同一团队在不同时间点处理不同测序平台,...
Q:单细胞分析中,如何鉴定细胞类型?A:在生物学上,不同的细胞具有不同的表型,细胞的表面抗原,或者特定的表达基因会有所区别,这些基因称为marker基因,可以通过对每个细胞内marker基因的识别,来...
Q:环境 RNA 的校正A:对于基于液滴的单细胞RNA-seq实验,稀释液中存在一定量的背景mRNA,这些mRNA会与细胞一起分布到液滴中并与其一起测序。其最终效果是产生背景污染,该背景污染代表的表达...
Q:过滤低质量的readsA:质量控制的第一步是从数据集中删除低质量的读数。当细胞检测到的基因数量较少、计数深度较低且线粒体计数较高时,细胞膜可能会破裂,这表明细胞正在死亡。由于这些细胞通常不是我们分...
Q:环境设置和数据A:我们使用2021年 NeurIPS 会议上的单细胞 10x Multiome 数据集。该数据集捕获了在四个不同地点测量的12名健康人类捐赠者的骨髓单核细胞的单细胞多组学数据,以获...
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百沐生物孵化于复旦大学,核心团队由复旦大学、中科院、协和医院等知名科研院所的卓越科学家以及来自阿里、美团、小米、生物医药集团等头部互联网科技公司和大型药企集团的综合背景精英组成,专注于将人工智能(AI)技术与生物技术(BT)深度融合,为生命科学研究和精准医疗领域带来创新解决方案。 公司核心平台为自研单细胞平台(BMBIOS)和小沐AI平台(AIGOBIO)。
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