原核转录组测序

产品介绍：

原核转录组测序可以从基因表达量、基因结构和sRNA调控功能三维度揭示不同生物性状的分子调控机制。如通过计算各组间的差异基因并对差异基因进行富集分析，获得对生物性状影响较大的通路信息；通过预测基因的反义转录本，丰富基因组注释内容。

技术原理：

原核转录组测序是研究原核生物在某个时期或者在某种环境条件下转录出来的所有mRNA。微生物在特定生境或时期中会表现出基因表达差异性，以此应对环境变化。经过去除核糖体RNA、构建链特异性文库等实验步骤，最终获得特定时期或者环境下微生物体内所有转录本（包括mRNA，非编码RNA等）的表达量差异和结构信息，以及功能特征，从而找出关键功能基因，解答更多微生物功能谜题。

分析流程：

应用方向：

1）基因表达调控研究： 原核转录组测序可以揭示不同生长条件、环境压力或基因突变下基因的表达变化，从而帮助了解原核生物基因表达调控的机制。

2）响应环境变化研究： 通过比较在不同环境中的转录组数据，可以了解原核生物如何响应温度、pH、营养等环境变化。

3）细菌感染机制研究： 原核转录组测序可以揭示病原体与宿主细胞相互作用时的基因表达变化，有助于了解细菌感染的机制。

4）抗生素抗性研究： 通过转录组测序，可以研究抗生素作用下细菌的基因表达变化，从而揭示抗生素抗性的机制。

5）代谢途径分析： 通过分析转录组数据，可以了解基因在代谢途径中的表达情况，帮助研究代谢调控和产物合成。

6）细胞周期和生长调控研究： 原核转录组测序可以用于研究细菌的生长周期、分裂和细胞周期调控。

7）生态学和微生物组学研究： 原核转录组测序可以用于研究微生物群落中不同成员的基因表达，了解微生物在生态系统中的功能和相互作用。

8）基因功能鉴定和新基因发现： 原核转录组测序有助于识别编码蛋白质的基因以及潜在的新基因，帮助研究基因功能和多样性。

9）基因调控网络分析： 通过转录组数据，可以构建基因调控网络，了解不同基因之间的调控关系和信号传导途径。

我们的优势：

1）磁珠法去除 rRNA，rRNA 去除效率好，数据质量高；

2）采用链特异性建库，建库稳定性好；

3）除进行 mRNA 定量分析外，还可以进行反义转录本预测，基因结构分析等；

4）可以同时进行 mRNA 和 sRNA 分析，sRNA 预测，变异分析等。

GC含量分布

Veen图

GO注释

KEGG代谢通路分类统计

样本基因表达TPM密度分布图

不同实验条件下TPM厢式图

差异基因火山图

差异基因聚类热图

KEGG富集分析通路图

The claim of primacy of human gut Bacteroides ovatus in dietary cellobiose degradation. Gut Microbes（2023）

人类肠道卵形拟杆菌在膳食纤维素糖降解中重要作用 

本文使用纤维二糖作为造模剂，其能促进人类肠道关键菌群（如：卵形拟杆菌（Bacteroides ovatus，BO））生长从而进一步研究共生机制。采用RNA-seq和16S rRNA测序发现了BO的一个新的多糖利用位点（polysaccharide utilization locus，PUL），PUL参与了纤维二糖的捕获和降解。此外，还检测细胞表面上两种新的纤维素酶BACOVA_02626GH5和BACOVA_0630GH5，两种酶能将纤维二糖降解为葡萄糖。 

通过RT-qPCR验证多糖利用位点（PULs）

通过基于 16S rRNA 的多样性测序分析了纤维生物糖对肠道微生物群组成的作用。