简化甲基化测序（RRBS）

产品介绍：

简化基因组甲基化测序 (Reduced Representation Bisulfite Sequencing, RRBS) 是通过限制性酶切的方法富集基因组DNA 上富含 CCGG 位点的片段，经 Bisulfite 处理和高通量测序技术进行基因组 CpG 富集区域内的单碱基分辨率的甲基化测序。相对 WGBS 而言 RRBS 技术作为高性价比的甲基化测序方案， 其测序量大幅减少，在大规模临床样本研究中具有广泛的应用价值

技术原理：

分析流程：

1）原始数据质量评估

2）与参考基因组比对分析

3）甲基化位点检测分析：甲基化序列类型统计，甲基化位点motifs识别

4）全基因组甲基化图谱：甲基化在基因组、功能区域、基因上下游的分布

5）差异甲基化区域检测、注释

6）差异甲基化基因功能注释

应用方向：

1）甲基化变异分析：RRBS可用于研究不同样本间的甲基化变异，特别是在基因启动子区域和 CpG 岛上的变异。通过比较样本，可以发现甲基化模式的差异，从而探究不同条件下的甲基化水平变化。

2）癌症研究：RRBS在肿瘤生物学研究中的应用尤为显著。它可以帮助鉴定肿瘤样本与正常样本之间的甲基化差异，识别潜在的癌症驱动基因或抑癌基因，以及揭示肿瘤发生和发展过程中的甲基化变化。

3）发育和分化研究：RRBS可以在细胞分化和发育过程中，探究基因启动子和调控区域的甲基化模式变化，从而理解甲基化在细胞特化中的作用。

4）环境和遗传因素研究：RRBS可用于研究环境和遗传因素对甲基化的影响。通过比较不同环境条件或不同个体间的甲基化水平，可以揭示环境和遗传因素在基因表达调控中的作用。

5）表观遗传学研究：RRBS在表观遗传学领域中有重要作用，可以帮助研究人员探索甲基化如何影响基因表达、遗传稳定性和表观记忆。

6）药物开发和筛选：RRBS可用于评估药物对甲基化的影响。研究人员可以通过RRBS了解药物对特定基因区域的甲基化状态产生的影响，从而指导药物研发和治疗策略的制定。

我们的优势：

样本投入量低、测序质量高、周期短、适用多种样本

DNA甲基化水平

小提琴图

DNA 甲基化差异聚类

主成分分析

散点图

DNA 甲基化变化

小提琴图

Whole genome MBD-seq and RRBS analyses reveal that hypermethylation of gastrointestinal hormone receptors is associated with gastric carcinogenesis

全基因组MBD-seq和RRBS分析揭示胃肠激素受体高甲基化与胃癌发生有关

DNA甲基化是表观遗传学中的一种调控机制，常在人类癌变过程中发生改变。为了检测与胃癌（GC）相关的关键甲基化事件，研究人员使用MBD-seq和RRBS分析，对从肠型早期胃癌（EGC）中显微解剖的胃粘膜（GM）、肠化生（IM）和胃肿瘤（GT）细胞的三个DNA甲基化组进行了比较。研究重点关注与基因表达直接相关的差异甲基化启动子（DMPs）。通过MBD-seq和RRBS分析，研究人员检测到GT与GM之间的2,761个和677个DMPs，总计3,035个DMPs。其中，514个（占所有DMPs的17%）在IM基因组中被检测到，IM是GC的前癌症状态，这支持某些DMPs可能代表胃癌发生过程中的早期事件。通过对所有DMPs进行通路分析，发现与高甲基化DMPs相关的59个G蛋白偶联受体（GPCR）基因在神经活性配体-受体相互作用通路中显著富集。此外，在这59个GPCR中，筛选出六个胃肠激素受体基因（NPY1R、PPYR1、PTGDR、PTGER2、PTGER3和SSTR2），它们在胃泌素或胃酸分泌的抑制作用方面发挥作用，并被验证为GC患者诊断或预后的潜在生物标志物。这些数据表明，由于胃泌素和胃酸在胃肠道细胞分化和癌变中发挥了作用，胃肠道（GI）激素受体的启动子甲基化失活可能导致胃癌的发生。

通路富集分析

6个高甲基化基因的甲基化及表达分析

1）送样类型：

基因组DNA、细胞、全血、动物组织

2）保存方式：

基因组DNA、细胞、全血、动物组织：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)；保存期间避免反复冻融。

3）运输条件：

基因组DNA：冰袋或者干冰运输(推荐干冰运输)；

细胞、全血、组织样本：干冰运输；

4）样本量要求：

基因组DNA：常规RRBS，总量不少于1ug，浓度不低于25ng/ul；

（1）提供样本DNA完整性质检结果，例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent 2100电泳等；

（2）提取基因组DNA，要加RNA酶，去除RNA污染；

（3）提取基因组DNA，溶到TE或者elution buffer,避免溶解到纯水；

（4）提供Qubit检测浓度，基于OD值的检测方法，例如NanoDrop，会严重高估浓度。

细胞样本：常规RRBS，不少于5×10*6个细胞；

（1）收集贴壁或者悬浮细胞、使用预冷的1×PBS，洗涤2次，600g离心5分钟；

（2）最后一次离心后，尽量去除上清PBS，保留细胞沉淀;

（3）全血样本：1-5ml外周血

（4）动物组织：30mg以上