CUT&Tag

产品介绍：

CUT&Tag（Cleavage Under Targets & Tagmentation）是一种高分辨率的基因组学技术，用于研究蛋白质与DNA之间的相互作用，如转录因子与染色质的相互作用等。它结合了DNA切割和标记的步骤，可以揭示蛋白质与DNA的相互作用位点，从而帮助我们理解基因表达调控、染色质结构以及其他基因组活动的机制。

技术原理：

分析流程：

1）数据质控：数据产出统计、质量碱基比例分布图 

2）测序数据序列与参考基因组序列比对：比对结果统计、基因组测序深度累计分布

3）样本聚类分析：组内生物学重复统一性分析、组间样本PCA分析

4）Peaks分析： Peaks鉴定、差异Peaks检测鉴定、差异Peaks相关基因功能注释富集分析

5）Motifs分析：Peaks相关转录因子结合序列分析

6）其他分析：核小体定位分析、转录因子结合分析、全基因组范围内检测可及性图谱

7）可定制化信息分析：可结合客户需求，协商确定定制化信息分析内容（如ATAT-seq与RNA-seq关联分析）

应用方向：

1）转录因子与染色质修饰的研究：CUT&Tag可以用来研究转录因子与染色质修饰之间的相互作用。通过标定特定的转录因子，可以揭示其在基因调控中的作用机制，同时也可以了解它们如何与染色质结构相互作用，影响基因的表达。

2）表观遗传学研究：CUT&Tag可以用来研究表观遗传标记，如DNA甲基化和组蛋白修饰。这有助于了解这些表观遗传标记在基因组中的分布，以及它们如何参与基因调控、细胞分化和发育等过程。

3）基因组调控网络分析：通过应用CUT&Tag技术，可以揭示转录因子、核心调控因子以及其他蛋白质与DNA的相互作用位点。这有助于构建基因组调控网络，从而更好地理解基因调控网络的结构和功能。

4）疾病机制研究：CUT&Tag可以帮助揭示某些疾病的分子机制，例如癌症和神经系统疾病。通过研究特定蛋白质与基因组的相互作用，可以识别可能的致病基因和异常的调控模式。

5）药物开发和筛选：CUT&Tag可以用于研究潜在药物分子对特定蛋白质与基因组的影响。这有助于了解药物的作用机制，并且可以用于药物筛选和开发过程中的目标鉴定。

6）细胞类型特异性调查：CUT&Tag可以在细胞类型水平上揭示蛋白质与基因组的相互作用。这有助于研究不同细胞类型之间的差异，以及这些差异如何在细胞分化和组织发育中发挥作用。

7）功能元件识别：通过CUT&Tag技术，可以识别基因组中的功能元件，如增强子和启动子。这有助于理解这些功能元件如何调控基因的表达，以及它们在细胞过程中的作用。

我们的优势：

样本投入量低、测序质量高、周期短、适用多种样本

CUT&Tag用于组蛋白修饰

CUT&Tag 的Peak分析

CUT&Tag 的可重复性分析

热图

Motif 分析

ASH2L Controls Ureteric Bud Morphogenesis through the Regulation of RET/GFRA1 Signaling Activity in a Mouse Model（Journal of the American Society of Nephrology ，2023, IF=13.6）

ASH2L通过调节小鼠模型中的RET/GFRA1信号活性来控制输尿管芽形态

作者通过RNA-seq和CUT&Tag两种研究技术进行联合分析后发现，UB特异性ASH2L敲除小鼠UB细胞中RET/GFRA1，信号通路核心组分如Ret、Gfra1、Wnt11等基因的表达显著减少，ASH2L缺失所导致的启动子区域H3K4me3修饰减少导致了RET/GFRA1信号通路相关基因表达减少。

E16.5阶段UB谱系肾脏的H3K4me3全基因组图谱

抗体选择：

1）一抗需要老师自行提供，要求使用商品化的ChIP 级抗体，抗体的靶蛋白富集区域不能处于异染色质或高度致密压缩区域，常用组蛋白为：H3K27ac(标记活跃增强子)、H3K4me3(标记活跃启动子)、H3K4me2(标记活跃启动子)、H3K4me1(标记静态增子)、H3K27me3(相对沉默区)

2）客户提供的一抗与二抗为原管，不得寄送分装出的抗体。

3）需要老师提供详细的一抗说明（请务必包含下列信息：抗体种属、一抗官网建议的稀释倍数、商用抗体货号、保存温度）。

细胞样本：

1）去除旧培养液，用PBS清洗1次；加入适量胰蛋白酶（覆盖培养皿表面）把单层生长的细胞消化下来；

2）离心1000rpm，5min；去掉上清，用PBS清洗1次；

3）去除PBS，加入适量配制好的冻存培养液，轻轻吹匀细胞和计数；

4）将细胞分装入冻存管中，每个样本平行2-3管，每管≥50万个细胞，悬于150ul冻存液，梯度降温；

5）放入-80℃冰箱中保存，干冰运输。

组织样本：

1）新鲜组织从活体取下后，用生理盐水或者PBS清洗表面污物；（备注：组织样本也可以暂时存放在冰上预冷的1640或者DMEM细胞培养基中3个小时以内）；

2）在培养皿上将组织样本用手术刀或者手术剪刀切成肉糜状或者很小的细胞团；分装到多个冻存管里，一般建议每个样本分装到3个冻存管里；