全基因组甲基化测序（WGBS）

产品介绍：

全基因组甲基化测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing，WGBS）是通过 Bisulfite处理将基因组中未发生甲基化的C碱基进行转换用以区分具有甲基化修饰的C碱基，并结合高通量测序技术判断CpG/CHG/CHH位点是否发生甲基化的一种方法。

技术原理：

基于重亚硫酸盐的甲基化分析方法，首先通过重亚硫酸盐对样本DNA进行处理，将未甲基化的C碱基转化为U碱基，而甲基化的C碱基则不会改变，进行PCR扩增后U碱基会变成T，与原本甲基化的C碱基区分开，再结合高通量测序技术，可绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。

分析流程：

1）原始数据质量评估

2）与参考基因组比对分析

3）甲基化位点检测分析：甲基化序列类型统计，甲基化位点motifs识别

4）全基因组甲基化图谱：甲基化在基因组、功能区域、基因上下游的分布

5）差异甲基化区域检测、注释

6）差异甲基化基因功能注释

应用方向：

1）表观遗传学研究：WGBS可以用于研究不同细胞类型、组织或发育阶段之间的DNA甲基化差异，帮助揭示表观遗传变化在生物学过程中的作用。这有助于理解基因表达调控、细胞分化、发育和疾病等方面的机制。

2）疾病研究：WGBS在疾病研究中扮演着重要角色。研究人员可以比较正常和疾病状态下的DNA甲基化模式，以找出与疾病发生和进展相关的甲基化变化。这对于癌症、神经系统疾病、心血管疾病等研究具有重要意义。

3）个体差异和种群遗传学：WGBS可以用于研究个体之间的DNA甲基化差异，帮助我们了解甲基化在人群中的遗传变异。这有助于解析甲基化的遗传基础，以及它如何影响个体的健康和易感性。

4）环境影响研究：外部环境因素（如营养、毒素、药物等）可以影响DNA甲基化。WGBS可以帮助研究人员了解环境因素如何通过甲基化改变基因表达，从而影响个体的生理和疾病风险。

5）进化研究：WGBS还可以用于比较不同物种之间的DNA甲基化模式，揭示甲基化在进化中的角色。这有助于理解甲基化在物种适应和多样性产生中的贡献

我们的优势：

样本投入量低、测序质量高、周期短、适用多种样本

整体甲基化水平

甲基化区域

甲基化分析结果

DNA甲基化与基因表达

GO富集分析

小提琴图

不同基因组区域的基因甲基化水平

散点图

基因功能区的甲基化水平

Genome-Wide DNA Methylation Alterations and Potential Risk Induced by Subacute and Subchronic Exposure to Food-Grade Nanosilica in Mice（ACS Nano, 2021,IF=17.1 ）

暴露于食品级纳米二氧化硅的小鼠肝脏引起了全基因组DNA甲基化改变和潜在风险 

纳米材料在食品工业中的广泛应用引起了人们对其对人类健康潜在风险的担忧，作者发现通过WGBS暴露于食品添加剂S200或A200F可能导致脂质代谢紊乱和癌症的发展。通路验证实验表明食品添加剂S200或A200F都具有潜在的致癌作用。S200抑制p53介导的小鼠肝脏凋亡通路，而A200F激活HRAS介导的MAPK信号通路，这是肝癌发生的关键驱动因素。

基因组 DNA 甲基化图谱

送样类型：

基因组DNA、细胞、全血、动植物组织

保存方式：

基因组DNA、细胞、全血、动植物组织：放20℃冰箱中保存(2年以内)，或者-80℃冰箱中长期保存(5年以内)；保存期间避免反复冻融。

运输条件：

1）基因组DNA：冰袋或者干冰运输；

2）细胞、全血、组织样本：干冰运输，顺丰陆运（3-4天时间），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；

样本量要求：

基因组DNA：常规WGBS，总量不少于2ug，浓度不低于25ng/ul。

1) 提供样本DNA完整性质检结果，例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent 2100电泳等；

2) 提取基因组DNA，要加RNA酶，去除RNA污染；

3）提取基因组DNA，溶到TE或者elution buffer,避免溶解到纯水；

4）提供Qubit检测浓度，基于OD值的检测方法，例如NanoDrop,会严重高估浓度。

细胞样本：常规WGBS，不少于5x10*6个细胞

1）收集贴壁或者悬浮细胞、使用预冷的1×PBS，洗涤2次，600g离心5分钟；

2）最后一次离心后，尽量去除上清PBS，保留细胞沉淀;

3、全血样本：1-5ml外周血使用普通EDTA抗凝管，避免使用肝素抗凝管。