MiRNA-seq

产品介绍：

微小RNA测序（miRNA-Seq）是一种用于研究微小RNA（miRNA）表达的高通量测序技术。miRNA是一类短小的非编码RNA分子，在基因调控、细胞生命周期、发育和疾病等多个生物学过程中发挥重要作用。

技术原理：

miRNA是一类长度约为20-25个核苷酸的非编码RNA分子，能够通过与靶基因的mRNA结合，调控基因表达。

分析流程：

1）数据预处理：对原始测序数据进行质量控制和过滤，去除低质量的读段、接头序列和重复序列等。同时，还可以对数据进行去除rRNA序列的操作，以减少干扰。

2）序列比对：将预处理后的测序数据与miRNA数据库（如miRBase）进行比对，使用比对工具（如Bowtie、BWA、STAR等）进行序列比对。这一步骤将确定每个读段的来源位置，并将其映射到miRNA上。

3）表达量计算：根据比对结果，统计每个miRNA的读段数或覆盖度，来估计其表达量。常用的方法包括RPKM（Reads Per Kilobase of transcript per Million mapped reads）或FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped fragments）。

4）差异表达分析：通过比较不同样品之间的miRNA表达量，可以鉴定差异表达的miRNA。常用的差异表达分析方法包括DESeq、edgeR等。这些方法可以根据统计学模型，识别差异表达miRNA并计算其显著性。

5）功能注释和富集分析：对差异表达的miRNA进行功能注释，即将其映射到已知miRNA的功能注释数据库中，如miRBase、TargetScan等。此外，还可以进行富集分析，寻找差异表达miRNA在特定生物过程、通路或功能上的富集情况。

6）结果验证：通过实验验证差异表达miRNA的生物学功能和调控机制，例如，通过定量PCR、Northern blot等方法验证测序结果的准确性和可靠性。

应用方向：

1）miRNA表达调控研究： miRNA-Seq可以用于分析不同细胞类型、发育阶段、生理状态或疾病状态下miRNA的表达变化，帮助了解miRNA在基因调控中的作用。

2）miRNA与疾病关联研究： 通过比较疾病患者和正常对照组的miRNA表达数据，可以鉴定与疾病相关的miRNA，从而深入了解miRNA在疾病发生机制中的作用。

3）miRNA与细胞周期、凋亡和分化研究： miRNA-Seq可以帮助了解miRNA在细胞周期、凋亡和分化等生物学过程中的功能。

4）miRNA与癌症研究： miRNA在多种癌症中表达异常，miRNA-Seq可以揭示癌症中miRNA的表达变化，从而了解miRNA在癌症发展中的作用。

5）miRNA与药物治疗研究： 了解miRNA在疾病中的作用有助于研发针对miRNA的治疗策略，如使用miRNA作为治疗靶点或调控剂。

6）miRNA调控网络分析： 通过miRNA-Seq数据，可以构建miRNA与靶基因之间的调控网络，深入了解miRNA的调控机制和作用。

7）miRNA与免疫系统研究： miRNA在调节免疫应答、炎症和免疫细胞分化中发挥重要作用，miRNA-Seq有助于研究miRNA在免疫系统中的功能。

8）miRNA作为生物标志物的应用： 一些miRNA在特定疾病状态下表达明显变化，可以作为潜在的生物标志物，用于疾病的诊断和监测。

我们的优势：

1）高质量的数据生成

2）完备的覆盖范围

3）多维度的数据分析

4）专业的数据解读

5）报告以及定制化的服务

GC含量分布

Veen图

GO注释

KEGG代谢通路分类统计

样本基因表达TPM密度分布图

不同实验条件下TPM厢式图

差异基因火山图

差异基因聚类热图

KEGG富集分析通路图

A fecal miRNA signature by small RNA sequencing accurately distinguishes colorectal cancers: results from a multicentric study（Gastroenterology，2023，IF=33.883）

通过小RNA测序的粪便miRNA标记准确区分结直肠癌:来自多中心研究的结果

目前用于结直肠癌(CRC)筛查的粪便检测在检测早期肿瘤或癌前病变方面的准确性有限。在这方面，作者全面评估了粪便microRNA (miRNA)谱作为非侵入性结直肠癌诊断的生物标志物。在多个生物标本中共进行了1273次小RNA测序实验。在一项横断面研究中，对来自意大利和捷克队列的粪便样本(155例结直肠癌，87例腺瘤，96例其他肠道疾病，141例结肠镜阴性对照)的miRNA谱进行了研究。25个miRNA在CRC患者的粪便中显示改变的水平，包括miR-149-3p、miR-607-5p、miR-1246、miR4488和miR-6777-5p在内的五种miRNA特征将患者与对照组区分开来，并在独立队列中得到验证。该特征将对照组从低/高分期肿瘤和晚期腺瘤中区分出来(AUC=0.82, 95% CI=0.71-0.97)。组织miRNA谱反映了粪便样本的miRNA谱，而不同胃肠道疾病的粪便谱突出了CRC中特异性失调的miRNA。FIT剩余样品中的miRNA谱与保存缓冲液中收集的粪便的miRNA谱具有良好的相关性，并且在腺瘤或CRC患者中可以检测到它们的改变。

粪便miRNA平均水平的散点图

条形图报告肿瘤、晚期腺瘤(AA)和非晚期腺瘤(nAA)组织中的中位水平