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多组学文献分享
多组学百问系列
单细胞测序
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微生物组学
Q:现有的单细胞转录组测序有哪些可选平台?A:现有市场上运用最广,认可度最高的是10X Genomics的Chromium System,BD公司的Rhapsody Single-Cell Analy...
Q:如果细胞沉淀非常红,可以多加点红细胞裂解液吗?A:一般情况下不建议多加裂红液。一般红细胞裂解液有推荐的红细胞裂解液/细胞悬液的体系,增大体系可能影响到细胞活性。所以,红细胞裂解不干净,建议增加裂红...
Q:为什么组织消化后的细胞悬液需要裂红处理?A:如果不进行红细胞裂红处理,后续细胞容易捕获相应的红细胞,影响数据质量;红细胞中游离的RNA,也会影响细胞类型的判定。
Q:如果研究的样本细胞比较大(骨骼肌、心肌、破骨细胞、脂肪细胞)怎么办?A:有以下两种解决方案:提核来做单细胞转录组;做smart-seq的单细胞转录组。
Q:制备完细胞后,是否需要进行后续的细胞分选标记?A:制备完悬液后,要不要分选细胞,主要看研究地目的。如果目的是为了获得组织内细胞组成地全貌,或者需要获取不同细胞间地互作关系,就可以不分选细胞;如果目...
Q:制备单细胞悬液的时候,如果出现结团现象该如何解决?A:首先应该先判定下出现结团现象的可能的原因,一般原因可能有以下几种情况,可以根据原因来进行针对性优化:组织特性,例如血管或皮肤等样本本身容易出现...
Q:单细胞转录组测序为什么对悬液细胞活性要求高?A:单细胞转录组测序目的是测单个细胞转录组的表达,死去的细胞会游离出较多的RNA,从而造成背景污染,影响数据质量。避免背景噪声:死亡或破损的细胞中的RN...
Q:为什么单细胞转录组测序冲洗组织缓冲溶液中不能含Ca2+和Mg2+离子?A:单细胞捕获上机中,Ca2+和Mg2+离子容易影响反转录酶活性,从而影响cDNA合成,最后影响建库效果。
Q:测序饱和度达到多少,不需要进行后续加测了?A:测序饱和度是反映当前测序量与文库复杂度相关性的指标,其大小主要取决于测序深度和文库复杂度(细胞质量、细胞异质性、细胞数目、RNA含量等)。这个指标非常...
Q:单细胞测序推荐多少数据量?A:测序数据量推荐50k read pairs/每个细胞,也就是100G Clean Data/每个样本。在测序数据量达到100G时,检出的基因数目趋近稳定,随着测序数据...
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百沐生物孵化于复旦大学,核心团队由复旦大学、中科院、协和医院等知名科研院所的卓越科学家以及来自阿里、美团、小米、生物医药集团等头部互联网科技公司和大型药企集团的综合背景精英组成,专注于将人工智能(AI)技术与生物技术(BT)深度融合,为生命科学研究和精准医疗领域带来创新解决方案。 公司核心平台为自研单细胞平台(BMBIOS)和小沐AI平台(AIGOBIO)。
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