小沐同学（AI）|单细胞测序100问(63)-分析篇

Q：环境 RNA 的校正

A：

对于基于液滴的单细胞RNA-seq实验，稀释液中存在一定量的背景mRNA，这些mRNA会与细胞一起分布到液滴中并与其一起测序。其最终效果是产生背景污染，该背景污染代表的表达不是来自液滴内包含的细胞，而是来自包含细胞的溶液。

基于液滴的 scRNA-seq 生成跨多个细胞的基因的唯一分子标识符 (UMI) 计数，旨在识别每个基因和每个细胞的分子数量。它假设每个液滴都含有来自单个细胞的 mRNA 。双联体、空滴和无细胞RNA可能违反这一假设。无细胞mRNA 分子代表稀释液中存在的背景 mRNA。这些分子沿着液滴分布，并与它们一起排序。输入溶液中无细胞 mRNA 的这种污染通常称为“soup”，是由细胞裂解产生的。

注：在基于液滴的测序技术中，液滴可以包含环境 RNA 或双联体（捕获多个细胞的液滴）。污染的环境 RNA 被标记并与来自细胞的天然 mRNA 一起计数，从而导致计数混乱。

无细胞 mRNA 分子（也称为环境 RNA）可能会混淆观察到的计数数量，并可被视为背景污染。纠正基于液滴的 scRNA-seq数据集以获得无细胞mRNA非常重要，因为它可能会影响我们下游分析中数据的解释。一般来说，每个输入解决方案的soup都不同，并且取决于数据集中各个细胞的表达模式。去除环境 mRNA 的方法，如 SoupX 和 DecontX ，旨在估计 soup 的成分并根据 soup 的表达纠正计数表。

详细计算过程见：https://www.sc-best-practices.org/preprocessing_visualization/quality_control.html#id130