宏基因组测序

产品介绍：

宏基因组（Metagenomics）测序是一种高通量DNA测序技术，旨在分析复杂微生物群落中所有微生物的基因组信息。与传统的单一微生物基因组测序不同，宏基因组测序针对整个微生物群落的DNA进行测序，包括细菌、古细菌、真核微生物等。

技术原理：

基于现代高通量测序技术，首要步骤是从环境样本中提取总DNA，使用高通量测序技术，如Illumina的下一代测序技术，对这些DNA片段进行测序。这一步骤会生成大量的短DNA片段序列，每个片段都包含了微生物基因组的一部分。测序得到的大量短DNA片段序列需要经过复杂的数据处理和分析，以确定微生物的物种身份，并揭示微生物群落的代谢途径和潜在功能。

分析流程：

应用方向：

1）医学领域：常见疾病研究、肿瘤癌症研究，药物治疗对人体微生物的影响以及与疗效的关联等。

2）畜牧领域：肠道、瘤胃(如产甲烷菌类群)与动物健康/营养消化研究等。

3）农业领域：根据微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落研究等。

4）环境领域：雾霾处理、污水治理、石油降解、酸性矿水处理及海洋环境研究，极端环境条件下的微生物类群研究等。

5）生物能源：特殊功能的菌株、基因挖掘、工程菌的开发研究。

我们的优势：

1）价格优惠、交付周期短：提供综合比价通道，高效高质量的交付结果

2）疑难样本处理可处理：抽提效率高，最大化利用珍贵样本

3）严格的数据质控：严格的质量控制体系，保证准确性

4）测序平台：通量更高，速度更快，运行时间更短。

5） 定制化分析方案 ：定制实验方法，个性化分析解决方案。

基因组质量得分

PCA分析

系统发育进化树

系统发育进化树

箱线图

物种丰度和聚类图

物种相对丰度比较

菌株相对丰度

线性判别分析 

气泡散点图

热图

箱线图

网络互作及物种相关性

冗余分析

气泡图

KEGG通路富集差异表达基因 

Extensive Unexplored Human Microbiome Diversity Revealed by Over 150,000 Genomes from Metagenomes Spanning Age, Geography, and Lifestyle（Pasolli et al,Cell, 2019, IF=64.5）

来自跨越年龄、地理和生活方式的超15万个基因组揭示了人类微生物群多样性 

由意大利特伦托大学Nicola Segata领导的研究团队利用9,428个宏基因组重建了154,723个人体微生物基因组(45%高质量)，涵盖了身体部位、年龄、国家和生活方式。其中很多代表了此前未发现的新物种。值得关注的是大多数新发现的微生物存在于在非西方化人群中。此外，研究揭示了4,930个菌种水平的基因组分箱（species-level genome bins，SGBs），其中约77％是最新发现的。研究人员在SGBs中注释了大量基因，其中许多与婴儿发育或西方化有关，这进一步拓展了对全人类微生物组的理解和认知。研究人员表示，这一发现重新定义了科学家对人类微生物群的理解，并可能有助于了解过敏、自身免疫性疾病和其他复杂综合征发病率不断上升的原因。

9,428个宏基因组组装成4,930个SGB

与瘤胃球菌和粪杆菌相关的梭菌目中发现了几种常见的肠道uSGBs