目标区域甲基化测序（TBS）

产品介绍：

目标区域甲基化测序(Targeted Bisulfite Sequencing，TBS)通过设计相应的探针序列，特异性捕获感兴趣的基因组特定区域，捕获片段进一步通过重亚硫酸盐处理，经高通量测序检测目标区域的甲基化水平，可满足几个到上百个基因/CpG位点的检测。该技术是大样本量，固定区域甲基化检测的首选，可广泛应用于临床样本甲基化特异性区域的鉴定以及与疾病相关的甲基化Bio-Marker的筛选和验证。

技术原理：

分析流程：

1.原始数据质量评估

2.与参考基因组比对分析

3.甲基化位点检测分析：甲基化序列类型统计，甲基化位点motifs识别

4.全基因组甲基化图谱：甲基化在基因组、功能区域、基因上下游的分布

5.差异甲基化区域检测、注释

6.差异甲基化基因功能注释

应用方向：

1）临床大样本甲基化 Biomarker 筛选

2）模式生物发育甲基化谱研究

3）疾病及肿瘤调控机制研究

4）遗传育种(动物)甲基化研究

5）无参基因组物种甲基化研究

我们的优势：

样本投入量低、测序质量高、周期短、适用多种样本

热图

箱线图

CpG 位点的甲基化状态

ROC 曲线

DNA甲基化与基因表达

Methylation patterns in serum DNA for early identification of disseminated breast cancer. 

Genome Med. 2017;22;9(1):115.. 

本课题通过RRBS 检测了 31 个样本，其中癌组织(n=8)和白细胞(n=23)的 DNA 甲基化，筛选出 18 个癌症特异的 DMR, 进一步通过 TBS (Targeted Bisulfite Sequencing) 在两个样本库(>1000 例)的血浆cfDNA 中验证，找到血清EFC#93 用于早期识别弥散性乳腺癌的biomarker。

课题设计方案

cfDNA 甲基化 biomarker 用于 HCC 诊断

送样类型：

基因组DNA、细胞、全血、动物组织、FFPE、肺泡灌洗液、尿液及粪便等二、保存方式

1、基因组DNA、细胞、全血、动植物组织：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)；保存期间避免反复冻融。

2、FFPE样本：室温保存

运输条件：

1、基因组DNA：冰袋或者干冰运输；

2、细胞、全血、组织样本：干冰运输，顺丰陆运(3-4天时间)，夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；

3、FFPE样本：室温运输。

样本量要求：

基因组DNA：总量不少于500ng，浓度不低于10ng/ul。

1)提供样本DNA完整性质检结果，例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent 2100电泳等；

2)提取基因组DNA，要加RNA酶，去除RNA污染；

3)提取基因组DNA，溶到TE或者elution buffer,避免溶解到纯水；

4)提供Qubit检测浓度，基于OD值的检测方法，例如NanoDrop,会严重高估浓度

细胞样本：不少于1x10*6个细胞

1)收集贴壁或者悬浮细胞、使用预冷的1×PBS，洗涤2次，600g离心5分钟；

2)最后一次离心后，尽量去除上清PBS，保留细胞沉淀;

全血样本：0.2-5ml外周血使用普通EDTA抗凝管，避免使用肝素抗凝管。

动物组织：10mg以上用预冷的1×PBS溶液洗掉组织表面残留的血液；取不少于30mg(1/2绿豆大小)组织块，放置-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)；

FFPE样本：不少于0.5ug