Lnc RNA-seq

产品介绍：

LncRNA-seq（Long non-coding RNA sequencing）是一种专门用于研究长非编码RNA（lncRNA）的转录组测序技术。lncRNA是一类长度超过200个核苷酸的RNA分子，不具备编码蛋白质的能力，但在细胞内发挥着重要的调控功能。

分析流程：

1）数据预处理：对原始测序数据进行质量控制和过滤，去除低质量的读段、接头序列和重复序列等。同时，还可以对数据进行去除rRNA序列的操作，以减少干扰。

2）序列比对：将预处理后的测序数据与参考基因组进行比对，使用比对工具（如Bowtie、BWA、STAR等）进行序列比对。这一步骤将确定每个读段的来源位置，并将其映射到基因组上。

3）表达量计算：根据比对结果，统计每个基因（包括lncRNA）的读段数或覆盖度，来估计其表达量。常用的方法包括RPKM（Reads Per Kilobase of transcript per Million mapped reads）或FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped fragments）。

4）差异表达分析：通过比较不同样品之间的lncRNA表达量，可以鉴定差异表达的lncRNA。常用的差异表达分析方法包括DESeq、edgeR等。这些方法可以根据统计学模型，识别差异表达lncRNA并计算其显著性。

5）功能注释和富集分析：对差异表达的lncRNA进行功能注释，即将其映射到已知基因的功能注释数据库中，如Gene Ontology (GO)、KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)等。此外，还可以进行富集分析，寻找差异表达lncRNA在特定生物过程、通路或功能上的富集情况。

6）重要lncRNA验证：通过实验验证差异表达lncRNA的生物学功能和调控机制，例如，通过定量PCR、Northern blot、Western blot等方法验证测序结果的准确性和可靠性。

应用方向：

1）长链非编码RNA测序（LncRNA-Seq）是一种专门用于研究长链非编码RNA（lncRNA）表达的高通量测序技术。lncRNA是一类不编码蛋白质但在基因调控、细胞过程等方面扮演重要角色的RNA分子。以下是一些LncRNA-Seq的应用方向：

2）lncRNA表达调控研究： LncRNA-Seq用于研究不同细胞类型、组织、发育阶段、生理状态或疾病状态下lncRNA的表达变化，帮助了解lncRNA在基因调控中的作用。

3）lncRNA与疾病关联研究： 通过比较疾病患者和正常对照组的lncRNA表达数据，可以鉴定与疾病相关的lncRNA，从而深入了解lncRNA在疾病发生机制中的作用。

4）lncRNA与转录因子互作研究： LncRNA-Seq可以揭示lncRNA与转录因子之间的相互作用，帮助理解lncRNA在基因调控网络中的位置和功能。

5）lncRNA与染色体构象和三维结构研究： 通过LncRNA-Seq可以研究lncRNA如何参与染色体的空间结构和组装，以及其在维持基因组稳定性中的作用。

6）lncRNA与细胞周期、凋亡和分化研究： LncRNA-Seq可以帮助了解lncRNA在细胞周期、凋亡和分化等生物学过程中的功能。

7）lncRNA作为生物标志物的应用： 部分lncRNA在特定疾病状态下表达明显变化，可以作为潜在的生物标志物，用于疾病的诊断和监测。

8）lncRNA与药物治疗研究： 了解lncRNA在疾病中的作用有助于研发针对lncRNA的治疗策略，如lncRNA作为药物靶点或治疗调控剂。

9）lncRNA与癌症研究： LncRNA-Seq在揭示癌症中lncRNA的表达变化、调控网络以及其在癌症发生和发展中的功能方面有广泛应用。

我们的优势：

1）高质量的数据生成

2）完备的覆盖范围

3）多维度的数据分析

4）专业的数据解读

5）报告以及定制化的服务

GC含量分布

Veen图

GO注释

KEGG代谢通路分类统计

样本基因表达TPM密度分布图

不同实验条件下TPM厢式图

差异基因火山图

差异基因聚类热图

KEGG富集分析通路图

Lnc956-TRIM28-HSP90B1 complex on replication forks promotes CMG helicase retention to ensure stem cell genomic stability and embryogenesis（Science advances，IF=13.6）

RNA-seq揭示Lnc956在小鼠多能干细胞基因组稳定和促进胚胎发育的重要作用

复制压力是内源性DNA损伤的主要来源。尽管在复制叉上发现了许多蛋白质调节复制叉或复制机制的活动，但非编码RNAs是否可以在停滞的复制叉上并发挥关键的调节作用仍未被探索。作者鉴定了一个全新长链非编码RNA NONMMUT028956(简称Lnc956)，该LncRNA主要在小鼠胚胎干细胞中表达。作者发现Lnc956在复制叉上积累，防止其崩塌，保持基因组稳定性，对小鼠胚胎发生至关重要。在机制上，它以相互依赖的方式在共济失调性毛细血管扩张和Rad3相关(ATR)信号下游驱动Lnc956-TRIM28-HSP90B1复合体在停滞复制叉上的组装。Lnc956-TRIM28-HSP90B1复合物通过TRIM28与MCM2-MCM7六聚体物理结合，并直接调节CDC45-MCM-GINS (CMG)解旋酶在染色质上的保持力。Lnc956-TRIM28-HSP90B1对CMG解旋酶保持力的调节是由HSP90B1的伴侣功能介导的。总之，该研究结果首次发现了小鼠多能干细胞复制叉上特异性功能性长非编码RNA-Lnc956，并揭示了Lnc956维持多能干细胞基因组稳定和促进胚胎发育的分子机制。

iROND样本的RNA-seq分析可重复地在ESCs和NIH3T3细胞的未受干扰和/或受干扰的复制分叉上发现一组高度富集的lncRNAs

iROND-RNA-seq可重复检测到LncRNA的特定区域

Lnc956-TRIM28-HSP90B1与MCM2 toMCM7六聚体相互作用