空间转录组

产品介绍：

空间转录组通过对固定在芯片上的组织中细胞的转录组的分析，可以展示该组织不同区域的基因表达变化情况。芯片上对应不同细胞的位置，即不同的spot，含有携带不同barcode的探针，即空间条形码。将组织切片固定在芯片上后，空间条形码结合切片中每个细胞释放mRNA，通过对空间条形码测序，可以生成具有空间定位的基因表达谱。

技术原理：

10x Visium 空间转录组的技术工作原理是基于一种特殊化设计的载玻片完成样本捕获，从而空间位置标记的探针与细胞释放的 RNA 杂交，载玻片上原位完成反转录合成 cDNA，收集 cDNA，最后进行测序文库构建。

应用方向：

1. 完善细胞图谱：在空间水平构建并完善细胞图谱，从而更全面地了解细胞类型和它们在组织中的空间分布。

2. 揭示细胞间相互作用：揭示不同细胞类型之间的相互作用，以及它们在组织中的空间关系，从而深入理解细胞间的通讯和相互影响。

3. 研究疾病机制：帮助研究人员深入了解疾病组织中细胞类型的分布和基因表达模式，从而揭示疾病发生和发展的机制。

4. 药物研发和治疗策略：全面了解药物在组织中的作用机制和疗效，为药物研发和治疗策略的制定提供更多信息和依据。

我们的优势：

1）更先进的平台选择-拥有高捕获效率的10X Genomics和国产空间转录组平台

2）更丰富的技术实力和经验-具有针对不同样本类型的处理方面的经验

3）更成熟的数据分析和解读能力-具备优秀的生物信息学团队，能够提供全面的数据分析服务和准确的结果解读

4）更灵活的定制化分析方案-具备专业的转化医学团队，能够及时跟进前沿文献，提供个性化的实验设计和方案

5）更优惠的价格和更短的交付周期-提供综合比价通道，并能高效高质量的交付结果

图像比对及组织样本检测

空间spots的基因表达定量

Violin图

Marker基因聚类热图

Marker基因空间分布

气泡图

UMAP/tSNE图

热图

Spatial proteogenomics reveals distinct and evolutionarily conserved hepatic macrophage niches. Cell , 2022, IF: 44.1

肝脏是人体最大的实体器官，先前已有很多研究探索了肝细胞的部分特征，但大多肝脏细胞包含的具体细胞类型和精确定位还不清楚。此外，确定空间位置的单个特定细胞与细胞的相互作用也仍待研究。基于此作者使用空间转录组和单细胞多组学技术绘制了健康/肥胖的人类和小鼠肝脏的空间细胞图谱，利用多组学数据有效地鉴定和定位肝细胞，并把该图谱应用于其他物种，揭示了肝巨噬细胞（Kupffer cells, KCs）的保守程序，以及这些巨噬细胞各自的空间分辨细胞生态位和驱动其独特转录组特性的微环境信号。

样本要求

一般要求包埋的组织约 6.5×6.5mm。如果组织太大，可能覆盖捕获区域的基准框或覆盖到邻近的捕获区域；需要客户提前根据目标区域，选取合适大小的组织；如果实在无法选取约 6.5×6.5mm 的组织，在切片的时候需要选定捕获的区域（6.5×6.5mm)。如果组织很小，覆盖捕获区域占比至少约 20%，太小的覆盖区域可能无法获取实验数据；可以将多个组织按照相同的方向包埋，组织间的间隔越小越好。

每个样品需要准备 4 个备份，分别标注样品名称和切片方向等信息。骨骼、皮肤等特殊的组织需要提前和技术沟通是否可以实验。

样品寄送

包埋好的组织块用干冰寄送到公司，并填写样品信息单，邮件发送给销售且打印后随样品邮寄；样品必须标注项目信息和样品名称，4 个备份分别标注，如 brain_ 1, brain_2，brain_3，brain_4。 

样品质检

公司收到样品后进行组织质检；一般从包埋好的组织块切 10-20 片（一般组织的切片厚度为 10um）进行 RNA 质检，要求 RIN≥7.0。 

注意事项

组织大小最好是 6.5mm*6,5mm，太大或者太小都会增加实验和数据分析的难度。

每个样品需要准备 4 个备份，分别标注样品名称。

不可以使用液氮直接冷冻的组织，组织放入液氮中液氮容易沸腾引起组织结构的破坏。

一般按照包埋组织块的水平面进行切片。

石蜡样品准备和寄送注意事项：

样品要求

(1) 一般推荐选择已经包埋和保存的石蜡组织进行空转实验； 

(2) 保存时间没有明确要求，只要质检合格就可以继续实验； 

(3) 目前仅适应于人和小鼠的 FFPE 样本； 

(4) 切片目标捕获区域是 6.5x6.5mm，若组织块切片超过 6.5x6.5mm，需要提前确定目标区域，最好提供 HE 染色后的切片或者照片；我们实验时进行区域分割，具体细节需要进一步的沟通； 

(5) 准备充足的样品，建议准备2个备份（需要进行 DV200质检，粘附性测试和正式实验）。

样品质检 

利用切片进行DV200检测，要求DV200>50%。

样品寄送

石蜡组织块放在密闭的容器或自封袋中，标注好样品名称、组织类型等信息，并填写样品信息单，邮件发送给销售且打印后随样品邮寄；样本冬天可以常温寄送，夏天需要4℃寄送，以确保样品组织结构和RNA的完整性，禁止干冰寄送。