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问:数据质控背景答:单细胞 RNA-seq 数据集有两个重要的属性,在进行分析时应牢记这一点。首先,scRNA-seq 数据被丢弃,这意味着由于 mRNA 的限制,数据中存在过多的零。其次,纠正数据和...
Q:使用 Muon 存储多模态数据(扩展)A:尽管scanpy提供了PCA、UMAP和各种可视化等普遍适用的工具,但它主要是为RNA-Seq数据的分析而设计的。muon 通过为其他组学(例如染色质可及...
Q:使用 MuData 存储多模态数据(扩展)A:MuData是一种用于存储和操作多模态数据的数据结构,它建立在AnnData之上。多模态测序,如CITE-Seq,通过同时测量RNA和表面蛋白来生成多...
Q:使用scanpy进行单模态数据分析A:现在我们已经理解了单模态单细胞分析的基本数据结构,剩下的问题是我们如何实际分析存储的数据。在scverse生态系统中存在着多种分析特定组学数据的工具。例如,s...
Q:使用AnnData存储单模态数据A:完成序列比对和基因注释后,基因组数据通常被总结为一个特征矩阵。这个矩阵的形状是number_observations x number_variables,其中...
Q:单细胞分析框架A:获得计数矩阵后,探索性数据分析阶段开始。由于数据的大小和复杂性,需要专门的工具。虽然在单细胞分析的早期,人们习惯于使用自定义脚本来分析数据,但现在已经存在专门用于此目的的框架。三...
Q:单细胞RNA测序(scRNA-seq)的原始数据处理A:单细胞RNA测序(scRNA-seq)的原始数据处理是从原始FASTQ文件开始的一系列步骤,旨在将原始数据转化为每个细胞内每个基因的分子计数...
Q:单细胞转录组数据分析的常用数据库包括:A:单细胞转录组数据分析的常用数据库包括:scRNASeqDB:包含来自 GEO 的38个单细胞数据集,其中包含36项人类单细胞基因表达数据集,设计13440...
Q:单细胞转录组数据分析的常用工具有哪些?A:单细胞转录组数据分析的常用工具包括但不限于以下几种:1. Cell Ranger:这是由 10x Genomics 公司提供的专为单细胞转录组分析设计的软...
Q:单细胞转录组数据分析的学习路径?A:1. 基础生物学知识:细胞生物学:了解细胞的基本结构和功能。分子生物学:理解DNA、RNA和蛋白质的基本原理。遗传学:掌握基因表达调控和遗传变异的基础知识。2....
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百沐生物孵化于复旦大学,核心团队由复旦大学、中科院、协和医院等知名科研院所的卓越科学家以及来自阿里、美团、小米、生物医药集团等头部互联网科技公司和大型药企集团的综合背景精英组成,专注于将人工智能(AI)技术与生物技术(BT)深度融合,为生命科学研究和精准医疗领域带来创新解决方案。 公司核心平台为自研单细胞平台(BMBIOS)和小沐AI平台(AIGOBIO)。
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