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2023-11-13
来源：上海百沐生物科技有限公司
所属分类：单细胞测序100问
单细胞转录组数据分析的常用数据库包括：
scRNASeqDB：包含来自 GEO 的38个单细胞数据集，其中包含36项人类单细胞基因表达数据集，设计13440个样本信息，包含299个细胞类型、8910个细胞。网站还提供了不同状态下细胞基因表达的详细信息，以及基因表达的heatmap和boxplot、基因相关矩阵、GO和pathway等特征。网站支持依照gene搜索和cell类型搜索，通过查找可以看到各个基因以及对应文献的信息，包括基因在不同研究的表达情况、不同细胞中的表达情况等。
Single Cell Expression Atlas：由欧洲分子生物学实验室（EMBL）进行统计分析，嵌入在ArrayExpress数据库中。数据库包含了13个物种，132项研究。数据库提供了t-SNE和聚类分析，可以通过标记基因来检索细胞。数据库的特点是包含不同物种的测序数据。
这些数据库可以用于存储、查询、浏览、分析和可视化单细胞转录组数据，帮助研究人员进行单细胞转录组数据的分析和解释。
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百沐生物孵化于复旦大学，核心团队由复旦大学、中科院、协和医院等知名科研院所的卓越科学家以及来自阿里、美团、小米、生物医药集团等头部互联网科技公司和大型药企集团的综合背景精英组成，专注于将人工智能（AI）技术与生物技术（BT）深度融合，为生命科学研究和精准医疗领域带来创新解决方案。 公司核心平台为自研单细胞平台（BMBIOS）和小沐AI平台（AIGOBIO）。
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