小沐同学（AI）|免疫组库100问(12)-原理篇

Q：免疫组库测序如何选择建库测序方式?

A:

(1) 如果仅关注 CDR3 区域：可使用 RNA+5’RACE 建库或者 DNA+多重 PCR，

选择 Illumina Novaseq PE150 模式，性价比高。双端测序 300bp，一端150bp可覆盖测到V的前部分，另一端 150bp 可覆盖测到 V 的后部分和连接的 D基因、J基因、C 基因前面，足够覆盖到 CDR3 区(几十 bp 长度) 。也可通过百沐的生信算法把中间 V 未测到的部分补齐，从而获得 TCR/BCR 全长序列。

(2) 关注全长 VDJ 区域: 使用RNA+5’RACE 建库方法

使用 NextSeq PE300 测序模式，双端测序 600bp。一般免疫组文库大概在 600bp左右，双端测序能最大覆盖免疫组长度。同时，可有效鉴别更多 IGH 链亚型，如IgAl，IgA2，IgG1，IgG2，IgG3，IgG4，IgE，IgM等；但价格相对 Novaseq 测序更贵。

(1) 5’端添加已知的 adptor 序列，随后使用此接头序列而不依赖于 TCR 或 BCR CDNA 中的简并引物，这大大降低了 PCR 偏差，不依赖于引物设计，无引物偏好性，具有更高的目标率。

(3)关注 IGH 链的亚型：仅能使用 RNA+5’RACE 建库方法

可使用 NextSeq PE300/PE250，通过调整 C 区引物设置，覆盖更多 C 区信息，获得 IGH 亚型，如 IgAl，IgA2，IgGl，IgG2，IgG3，IgG4，IgE，IgM等。