小沐同学（AI）|免疫组库100问(13)-原理篇

Q：TCR靶向测序方法的比较？

A:

由于TCR库测序方法不同，所以在分析测序结果时应考虑以下几个因素：首先，是采用DNA还是RNA，这决定了可以适用哪种测序方法。上述两种方法均可用于RNA，然而，如果RNA质量欠佳，则gDNA多重扩增法则可能是更好的选择。其次，TCR测序的目的也会影响测序方法的选择。例如，RNA测序结果无法直接与细胞数目相关联。所以，如果研究目标是定量某个T细胞群的克隆扩增，则gDNA法是更好的选择，因为每个细胞只有一个TCR基因组拷贝。类似地，由于多重PCR使用靶向V基因不同区域的多组引物，所以基本无法获取跨越整个V（D）J区域的全长TCR序列，这种方法足以分析具有最高变异程度的CDR3区，然而，如果拟回答的生物学问题需要评价CDR1和CDR2等其他区域，则5’RACE法更为合适。

如果一项研究的目标是获取最大TCR多样性或检测罕见克隆型，则应优先考虑选择采用非UMI的5’RACE法，因为这种方法比基于UMI的方法灵敏度更高，尤其是对于TCRα链。相反，如果目标是构建TCR库的代表性克隆结构或者是在扩增水平基础上识别感兴趣的TCRs，则带UMI的5’RACE法也许更合适，因为这种方法更忠实地保留TCR克隆型频率，尽管需要几个重复或者更高的测序深度以捕获低频克隆。