小沐同学（AI）|免疫组库100问(11)-原理篇

Q：客户如何选择要做的测序链?

A:

TCR 分别有α、β、γ、δ四条链。BCR 有 IGH、IGK、IGL 三条链

(1) 关于 TCR 链的选择：视课题研究目的而定，可选择测一条链或多条链。如果没特殊要求，仅测一条链的话，一般大多数学术研究都是集中在 TCR β 链测序。95%的T细胞是a /β T细胞，另外 5%的T细胞是γ、δ T细胞，所以基本上大多数研究都是围绕a /β T细胞为主，比如和肿瘤、药物开发等方向。一般大多数学术研究都是集中在 TCR β链测序，其 TCR β CDR3 区是抗原识别决定区，同时它由 V、D、J基因片段重组形成，多样性更高。而 TCR a 仅由V和J基因重组。

(1) 5’端添加已知的 adptor 序列，随后使用此接头序列而不依赖于 TCR 或 BCR CDNA 中的简并引物，这大大降低了 PCR 偏差，不依赖于引物设计，无引物偏好性，具有更高的目标率。

(2) 关于 BCR 链的选择:视课题研究目的而定，可选择测一条链或多条链。如果没特殊要求，仅测一条链的话，一般大多数学术研究都是集中在 IGH 测序。B 细胞的 BCR 是由重链 IGH 和轻链 IGK/IGL 配对形成，所以每种 BCR 均有 IGH重链，但轻链是由 IGK 或者 IGL 组成。且其中 IGH 由 V、D、J基因片段重组形成，IGK/IGL 仅由 V、J基因片段重组形成，所以大多数学术研究都是集中在 IGH 测序。除非特殊需要集中在对轻链的研究。

(3)如需要 TCR 或 BCR 双链的准确配对，需要用单细胞 VDJ 测序才可以。Bulk 免疫组测序不能准确配对双链，除非是该样本仅相同克隆的一种细胞,如 Cell line等。