小沐同学（AI）|免疫组库100问(8)-原理篇

Q：TCR扩增方法的错误矫正策略有哪些？

A:

由于上述TCR测序策略可能存在的偏好和错误，引入独特分子标签（UMIs）可以有效矫正这些错误。UMIs是一系列随机DNA序列，在cDNA合成过程中被加入cDNA中并标记唯一一条cDNA分子。这种策略有两个优势：

（1）通过计数每种UMI的数目可以得到样本中TCR序列的原始分布，这有助于更精确的定量TCR克隆频率；

（2）通过将具有相同UMI的reads聚集在一起可以有效矫正PCR和测序错误，从而可以推断出真实的TCR序列。由于TCRs序列之间的差异仅有几个核苷酸，这种矫正步骤可以区分真实的TCR变异和错误导致的假性多样性，所以可以更准确地评估TCR库多样性。然而，获得准确度的代价是较低的灵敏度，因为低频克隆可能由于每个UMI覆盖的read不足而被过滤掉。目前已经开发出对每个核苷酸进行错误矫正的算法，这可以更精确地测量TCR库中的克隆型频率。