小沐同学（AI）|单细胞测序100问(89)-分析篇

Q:测序饱和度受到什么影响？

A:

测序饱和度受测序深度影响。一般来说，测序reads越多，被检测到的独特转录本就越多。如下图所示，被检测到的基因数会随着测序深度的增加而增加，但当测序深度达到一定程度，被检测到基因数量的增加程度逐渐变缓，直到不再随测序深度增加而增加即达到饱和。最终可检测到的基因数量取决于细胞类型。

测序饱和度还受文库复杂度的限制。通常来说，不同类型的细胞含有不同数量、不同类型的 RNA ，因此不同类型细胞建成的文库中也包含着不同数量、不同类型的转录本，即文库复杂度存在差异。复杂度高的文库中转录本的数量和类型更多，检测一个新转录本所需的额外 reads 数量也就更多，即增加饱和度需要测定的 reads 更多。举个例子：如果一个细胞的转录本类型较少，那么相同的 reads 下检测到的转录本类型就较少，这时较少的 reads就能达到饱和。而一个细胞的转录本类型较多，那么相同的 reads 下检测到的转录本类型就较多，这时就需要较多的 reads 才能测序饱和。