文献阅读分享｜单细胞转录组学揭示食管鳞状上皮细胞的异质性，并构建预测患者预后和免疫治疗的模型

食管癌是一种影响全球人口的常见恶性肿瘤，其发病率和死亡率高得惊人。仅在2020年就出现了令人震惊的604，000例新诊断的EC病例，悲惨地导致544，000人死亡.这种可怕的疾病包括两种主要的病理学分类:食管腺癌和食管鳞状细胞癌(ESCC)，其中ESCC是每年新患者中的主要亚型。

食管癌上皮细胞异质性(HECEC)包括在食管癌组织内上皮细胞中观察到的复杂多样性和可变性。这种异质性表现在分子水平，其特征是基因表达和蛋白质谱的差异。因此，对上皮细胞异质性进行深入研究变得至关重要，因为它揭示了不同亚群固有的分子特征和功能特性。

单细胞RNA测序(scRNA-seq)的出现为深入研究肿瘤异质性的复杂性提供了一个强大的工具，从而彻底改变了该领域。传统的批量RNA-seq技术无法捕捉转录水平的细微差异，限制了我们对肿瘤内异质性和复杂的肿瘤微环境(TME)的理解。相比之下，新兴的scRNA-seq技术具有显著的优势，如高通量和高效率。利用这些优势，scRNA-seq能够识别肿瘤内的分子特征，解码肿瘤内异质性的复杂景观，并发掘新的治疗靶点和临床生物标志物。

近期，南京医科大学发表了题为“Single-cell transcriptomics reveals heterogeneity in esophageal squamous epithelial cells and constructs models for predicting patient prognosis and immunotherapy”的研究论文，本篇论文的研究利用scRNA-seq和bulk RNA-seq数据集来分析ESCC上皮细胞的异质性。通过对不同的肿瘤上皮细胞进行分类，研究了它们在TME中的重要作用。最终，作者使用关键的癌症上皮亚群构建了一个信号，可以预测ESCC患者的预后和对免疫疗法的反应，这为ESCC患者的临床分层和治疗提供了有价值的见解。

所有分析的总体流程图

参考文献：Li C, Song W, Zhang J, Luo Y. Single-cell transcriptomics reveals heterogeneity in esophageal squamous epithelial cells and constructs models for predicting patient prognosis and immunotherapy. Front Immunol. 2023 Nov 30;14:1322147. doi: 10.3389/fimmu.2023.1322147. PMID: 38098487; PMCID: PMC10719955.