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小沐同学（AI）|单细胞测序100问(86)-分析篇

2023-11-20

来源：上海百沐生物科技有限公司

所属分类：单细胞测序100问

Q:如何判定数据质量？

A:

拿到一个高质量的数据，第一步是需要获得高质量的单细胞悬液。单细胞悬液的细胞活性，要求大于 80%。目前常用的是 AO/PI 染色和台盼蓝染色法。相比较而言，台盼蓝染色会有一定的假阴性。针对用台盼蓝染色做的植物原生质体的活性测定，假阴性的比例会更高。因为富含叶绿体的植物细胞在台盼蓝染色后颜色更深，细胞计数仪会被判定为死细胞。因此，经验丰富的操作人员检查细胞状态，也是非常重要的一步。第二步是需要捕获到足够数量的高质量的细胞。关于这一点的质控标准，可结合下图做个阐释。


（1）捕获到的细胞数量：这是单细胞测序研究的重要参数。捕获到的细胞数量越多，证据越充分，越有利于发表高分文章。在后续分析过程中，会再做一次细胞过滤，最终得到的细胞数目，即是每一篇单细胞测序文章都会描述的捕获到的细胞数目。

（2）是细胞中的平均reads数，相当于测序深度，一般大于3万是比较好的数据。

（3）是细胞中的中位基因值，该值的大小与不同的组织样本有关，如癌细胞中可能数值较高。

（4）是测序的饱和度，一般大于 50% 即可。

（5）是本次测序得到的reads比对到高质量细胞的占比，也是后续用来分析的数据。如果细胞活性偏低，细胞破裂较多，游离到环境中的mRNA偏多，这个数值会偏低。



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百沐生物孵化于复旦大学，核心团队由复旦大学、中科院、协和医院等知名科研院所的卓越科学家以及来自阿里、美团、小米、生物医药集团等头部互联网科技公司和大型药企集团的综合背景精英组成，专注于将人工智能（AI）技术与生物技术（BT）深度融合，为生命科学研究和精准医疗领域带来创新解决方案。 公司核心平台为自研单细胞平台（BMBIOS）和小沐AI平台（AIGOBIO）。

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