小沐同学（AI）|单细胞测序100问(75)-分析篇

Q：注释背景

A：

为了更好地理解您的数据并利用现有知识，弄清楚数据中每个细胞的“细胞身份”非常重要。根据已知（或有时未知）的细胞表型标记数据中的细胞组的过程称为“细胞注释”。虽然注释细胞的方法有很多（例如，基于批次、疾病、性别等），但在本笔记本中，我们将重点关注“细胞类型”的注释。

那么什么是细胞类型呢？生物学家使用术语“细胞类型”来表示跨数据集稳健的细胞表型，可根据特定标记（即蛋白质或基因转录本）的表达进行识别，并且通常与特定功能相关。例如，血浆 B 细胞是一种白细胞，可以分泌用于对抗病原体的抗体，可以使用特定标记进行识别。了解样品中的细胞类型对于理解数据至关重要。例如，了解肿瘤中存在特定的免疫细胞类型或骨髓样本中存在不寻常的造血干细胞可以为您可能正在研究的疾病提供有价值的见解。

然而，与任何分类一样，类别的大小以及它们之间的边界在一定程度上是主观的，并且可能随着时间的推移而改变，例如因为新技术允许更高分辨率的细胞视图，或者因为未考虑的特定“亚表型”具有生物学意义的发现具有重要的生物学意义（参见例如[ Kadur Lakshminarasimha Murthy et al. , 2022 ]）。因此，细胞类型通常进一步分为“亚型”或“细胞状态”（例如激活与静息），一些研究人员使用术语“细胞身份”来避免这种有时任意区分细胞类型、细胞亚型和细胞状态的情况。有关该主题的更详细讨论，我们推荐 Wagner 等人的评论。[瓦格纳等人。，2016 ]以及 Zeng 最近发表的评论[ Zeng，2022 ]。