小沐同学（AI）|单细胞测序100问(30)

Q：单细胞转录组（scRNA-seq）和单细胞核转录组（snRNA-seq）测序有什么差别？

A：

• 核心：适用场景不一样，原则上优先推荐单细胞转录组，如果样本是冷冻或者大粒径细胞（直径＞60μm），那就建议提取细胞核。

  
  

• 与scRNA-seq相比，snRNA-seq捕获到的基因总数减少了约20%~40%，UMI总数减少了约20%~60%；且snRNA-seq得到的较大一部分是线粒体基因。

  
  

• 但在细胞分群上两者数据具有可比性，snRNA-seq具有维持细胞标志物的表达，更容易鉴定罕见细胞群，没有太多应激基因表达等优势，但是免疫细胞捕获灵敏度较低，不太适合进行免疫组库或者针对免疫细胞检测。

  
  

• 若是植物样本选择snRNA-seq测序，在保证高效捕获分选单细胞数据的同时，也减少了应激基因表达影响、胞质内代谢物的干扰，并可兼容更大细胞直径，获得更全面信息。