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小沐同学(AI)|单细胞测序100问(30)

2023-11-13

来源:上海百沐生物科技有限公司

所属分类:单细胞测序100问

Q:单细胞转录组(scRNA-seq)和单细胞核转录组(snRNA-seq)测序有什么差别?

A:

  • 核心:适用场景不一样,原则上优先推荐单细胞转录组,如果样本是冷冻或者大粒径细胞(直径>60μm),那就建议提取细胞核。


  • 与scRNA-seq相比,snRNA-seq捕获到的基因总数减少了约20%~40%,UMI总数减少了约20%~60%;且snRNA-seq得到的较大一部分是线粒体基因。


  • 但在细胞分群上两者数据具有可比性,snRNA-seq具有维持细胞标志物的表达,更容易鉴定罕见细胞群,没有太多应激基因表达等优势,但是免疫细胞捕获灵敏度较低,不太适合进行免疫组库或者针对免疫细胞检测。


  • 若是植物样本选择snRNA-seq测序,在保证高效捕获分选单细胞数据的同时,也减少了应激基因表达影响、胞质内代谢物的干扰,并可兼容更大细胞直径,获得更全面信息。


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