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小沐同学(AI)|单细胞测序100问(84)-分析篇

2023-11-20

来源:上海百沐生物科技有限公司

所属分类:单细胞测序100问

Q:细胞捕获数一般在多少呢?

A:


10X官方提到,单个样本建议的捕获细胞数范围是500-10000细胞,但从上表明显能看出一个规律:文章IF越高,总捕获细胞数越高,样本数越多,单个样本平均捕获的高质量细胞数反而越少。虽然实验总投入增加,但是确保证了实验数据质量。在科研经费允许的情况下,建议单细胞测序项目每个样本捕获细胞数控制在3000左右,如果要考虑数据质量和科研经费间的平衡,建议每个样本捕获细胞数控制在5000左右,如果细胞质量非常理想,每个样本捕获细胞数可以到8000左右乃至10000。

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