小沐同学（AI）|单细胞测序100问(82)-分析篇

Q：单细胞转录组测序，我们怎么确定使用什么marker 基因？

A：

确定使用哪些 marker 基因通常需要依赖于你研究的具体细胞类型和研究问题。在单细胞测序实验中，marker 基因通常是指与特定细胞类型或状态相关的基因，通过这些基因的表达水平可以识别和区分不同的细胞类型或状态。首先，你需要对你研究的细胞类型有一定的了解，包括已知的特定细胞标记物和相关基因。这可以通过文献研究和数据库查询来获取。例如，你可以查阅 CellMarker 数据库（http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/）来获得特定细胞类型的 marker 基因信息。其次，你可以根据已知的细胞类型标记物，查看这些基因在你的单细胞数据中的表达情况。通过分析单细胞测序数据，找出哪些基因在不同细胞群中的表达水平具有显著差异，从而确定作为 marker 基因的候选基因。最后，你还可以结合文献报道和生物学背景知识，选择在特定细胞类型或状态下具有显著表达的基因作为 marker 基因。同时，也可以通过实验验证，如 FISH 实验，来验证这些基因在细胞中的表达情况。

总之，确定使用哪些 marker 基因需要结合已有的知识和实验数据，以及生物学背景知识，来综合考虑并做出合理的选择。