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2023-11-20
来源：上海百沐生物科技有限公司
所属分类：单细胞测序100问
A:
单细胞数据集以及计数矩阵包含变化很大的方差项，分析数据集通常具有挑战性，因为许多统计方法假设数据具有统一的方差结构。
“归一化”的预处理步骤旨在通过将可观察方差缩放到指定范围来调整数据集中的原始计数以实现可变采样效果。实践中使用了多种复杂性各异的归一化技术。它们的设计方式大多是为了后续分析任务及其适用基础统计方法。
这里介绍三种不同的归一化技术：移位对数变换、scran归一化和皮尔逊残差解析。平移对数有利于稳定方差，以利于后续降维和差异表达基因的识别。Scran 经过广泛测试并用于批量校正任务，分析 Pearson 残差非常适合选择生物可变基因和鉴定稀有细胞类型。
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